Una specie di bambina-pesce fugge da casa, in fondo almare, a a bordo di una medusa e finisce su una spiaggia dove viene salvata da Sosuke, che la battezza con il nome di Ponyo. Il padre di Ponyo la obbliga a tornare a casa, ma lei gli confessa di vole diventare umana perchè si è innamorata di Sosuke.
In assenza del padre, Ponyo, tramite una magia, riesce finalmente a diventare umana ma questo provoca uno squilibrio nel mondo, provocando uno tsunami che si abbatte proprio dove vive Sosuke. Ponyo e Sosuke riescono a ritrovarsi, mentre lam madre di Sosuke incontra la madre di Ponyo.
A causa di altre magie di Ponyo il mondo subisce altri sconvolgimenti. Cosi la madre di Ponyo rivela alla madre di Sosuke che se i due bambini riusciranno a supreare una prova, Ponyo potrà riamanere umana e il mondo troverebbe di nuovo il suo equilibrio.































